Rent sådär generellt rörande topic är rootkits med RAT-funktionalitet väldigt vanliga, dock har de oftast mer av backdoor-stuk på linuxmaskiner. Det handlar oftast inte så mycket om att lägga till ny funktionalitet som att ändra den i systemet, och sedan dölja dessa ändringar för användaren.
Den generella linuxanvändaren är oftast mer hemma med datorer, ja, men den genomsnittliga användaren idag har långt ifrån samma koll som för bara ett par år sedan, tack vare kompisar som RedHat-distributionen och andra nästan-windows.
Tack vare CGI så var under en period till och med andelen hackade servrar som var linux istället för ms överrepresenterade.
Aja, sak samma. Linux vs Windows ska vi väll undvika

Men hur som helst, rootkits, backdoors, eskalieringskit och dylikt finns. Inte i samma omfattning bara, främst på grund av att maskinerna är mer unika (det är svårare att skriva ett generellt kit för att ändra dem) och det finns så mycket färre linuxusers (som att välja mellan surfingbräda eller scooter i norrland. Inget fel på endera, men en kommer man ha aningen mer nytta av...)